La energía eléctrica en Tokio-3 está completamente cortada como resultado de un sabotaje por partes desconocidas, atrapando a la mayoría del personal de NERV dentro, y peor aún, atrapando a los tres pilotos de Evangelion fuera de la base. Un nuevo ángel, Matarael, aparece y comienza a quemar su camino hacia el cuartel general de NERV usando un ataque de ácido corrosivo, y todo el mundo dentro debe luchar para encender el Evangelions, como los pilotos tratan de hacer su camino de regreso a Dogma Central a través de un laberinto De pasillos cerrados y conductos de aire. Los pilotos luego entrar en su Evas y entrar en la batalla. Después de atravesar más respiraderos y pasillos, se encuentran cara a cara con el Ángel. Asuka defiende a Shinji y Rei del ácido corrosivo de Matarael, mientras que los otros dos pilotos recuperan el rifle de Shinji. Shinji luego usa el rifle para destruir el Ángel.