Los pilotos están siendo sometidos a una prueba de sincronización dirigida por Ritsuko profundamente dentro de la sede de NERV cuando un nuevo Angel, Ireul, aparece dentro de la base misma, siendo inicialmente confundido con la corrosión. Este Ángel es en realidad una colección de millones de organismos microscópicos, que interactúan para crear un circuito biológico biológico. Iruel infecta la red informática de NERV y luego infiltra dos de los tres superordenadores Magi que controlan la base antes de que Ritsuko pueda configurar un cortafuegos para retrasar su avance. Iruel está intentando provocar la autodestrucción de la base NERV, que requiere un voto unánime de los tres superordenadores. Aunque el cortafuegos de Ritsuko frenó el avance de la infiltración de Iruel, gradualmente toma el control del último supercomputador. Ritsuko viene con un esquema para usar la habilidad de adaptación rápida del Ángel contra ella y forzarla a evolucionar hacia un estado benigno, pero debe competir para implementarlo antes de que el Angel gane control.