El Proyecto de Instrumentación Humana continúa mientras la humanidad intenta completar su existencia. Shinji sigue luchando con el impacto de su existencia personal, y finalmente ve un mundo (que se asemeja a un ambiente alegre y cómico de la escuela secundaria) en el que no es un piloto de Evangelion. Shinji, ahora comprendiendo que su existencia no es fija, destruye la concha constrictiva que había formado alrededor de sí mismo. Él es recibido por todos los otros personajes de la serie, que aplauden y lo felicitan, y en respuesta, él los agradece a todos.