Shinji se despierta en el hospital, sin memoria de la lucha contra el Ángel la noche anterior. Su padre no quiere tener nada que ver con él, así que el jefe de operaciones de NERV, la joven y atractiva Misato Katsuragi, se convierte en su tutora legal. Instalándose en la vida en el apartamento de Misato, eventualmente recuerda la furiosa batalla.