El año es 2015, 15 años después de que el primer contacto desastroso con los misteriosos seres conocidos como Ángeles resultó en el cataclismo global conocido como el Segundo Impacto, que aniquiló a la mitad de la raza humana. Para defender a la humanidad contra futuros ataques de los Ángeles, las Naciones Unidas establecieron la organización NERV en Tokio-3 para desarrollar un gigantesco mecanismo bio-mecánico conocido como Evangelions. Ahora, los Ángeles finalmente han regresado, y los Evangelions no probados solo pueden ser pilotados por jóvenes especialmente seleccionados de 14 años. Shinji Ikari, hijo alejado del director de NERV, el Comandante Gendo Ikari, llega a Tokio-3 y es llevado a pilotar la unidad Evangelion-01 para luchar contra el Ángel, Sachiel, que está atacando la ciudad.