El subcomandante Kozo Fuyutsuki es secuestrado e interrogado por SEELE, que está indignado de que en su última batalla Unit-01 absorbió el motor S² de un Ángel en su cuerpo, de modo que ya no necesita una fuente de energía externa y ahora puede funcionar indefinidamente. Mientras tanto, Kaji se va a AWOL para tratar de averiguar la verdad sobre NERV. Como Fuyutsuki es interrogado por SEELE, relata en flashbacks cómo conoció por primera vez Gendo, Yui, los oscuros acontecimientos que rodean a Second Impact, y cómo NERV y el proyecto Evangelion nacieron. Los flashbacks también revelan la historia de Misato, Ritsuko y Rei.