Durante el clímax de la lucha masiva contra el Ángel Zeruel, Shinji logró una relación de sincronización del 400% con Unit-01, un nivel pensado imposible. Sin embargo, debido a esto, Shinji se ha fusionado con el Evangelion, y su cuerpo ha vuelto a LCL dentro del enchufe de entrada. A lo largo de treinta días, mientras la Unidad 01 permanece inmóvil y cubierta de vendajes en su hangar, Ritsuko se esfuerza por encontrar una manera de restablecer a Shinji. Mientras tanto, la conciencia de Shinji va a una odisea introspectiva mientras se fusiona con Unit-01 en la que entra en contacto con el alma de su madre, Yui Ikari. Después de hablar con Yui, Shinji es "renacido" del núcleo expuesto de la Unidad 01. Más tarde esa noche, Misato y Kaji reanudan su romance, lo que molesta y enoja a Ritsuko.