Shinji, horrorizado y emocionalmente devastado por la batalla entre la Unidad-01 y Bardiel y presenciando la muerte cercana de Toji, así como la indiferencia fría de Gendo a la situación, abandona NERV por segunda vez. Sin embargo, como él está dejando Tokyo-3, el Ángel Zeruel aparece, y derrota fácilmente a los otros Evangelions. Después de hablar con Kaji, Shinji regresa a NERV justo antes de que el Ángel penetre en la Sede de NERV, y contrata al Ángel en la Unidad-01. El Ángel logra vencer a la Unidad 01 cuando sus baterías caducan y arruina la armadura de pecho del Evangelion, revelando un núcleo idéntico al de los Ángeles. Mientras el Ángel ataca el núcleo de Unit-01, Shinji le suplica a Evangelion que vuelva a trabajar. La Unidad-01 se vuelve loca, reengancha y derrota al Ángel, luego se desgarra y come el cadáver del Ángel, absorbiendo su Motor S² en el proceso.