Unidad-03, siendo transportado de los Estados Unidos a Japón vía avión, vuela a través de un ángel microscópico disfrazado como una nube impar, infectando Unit-03. Durante la primera prueba de sincronización de Toji, Unit-03 se vuelve loco y muta en un Ángel, Bardiel. Poseyendo tanto el poder de un Ángel como la forma de un Evangelion, Unit-03 destruye la instalación de prueba y avanza hacia Tokyo-3. Los tres Evangelions son sortied contra Bardiel, pero el Ángel rápidamente derrota Unit-02 y Unit-00. Aunque Shinji no sabe que Toji está atrapado dentro de Bardiel, se niega a usar Unit-01 para atacarlo, tratando de salvar al piloto. Cuando Bardiel ataca a Unit-01, Gendo ordena que Shinji sea cortado del control de la Unidad-01 y que se active el sistema de piloto automático del enchufe simulado de la Unidad-01. Bajo el control del enchufe ficticio, Unit-01 ataca salvajemente a Bardiel, literalmente rasgando al poseído Evangelion y triturando su tapón de entrada. Después de la batalla, el ya emocionalmente devastado Shinji está aún más horrorizado cuando ve a Toji ser sacado de los restos del enchufe de entrada.