El desastre ocurre inesperadamente cuando NERV-02, la segunda base de la sucursal de NERV en Nevada, desaparece misteriosamente en un instante, dando por resultado la pérdida de todo en un radio de ochenta y nueve kilómetros y miles de personas. El incidente coincidió con un experimento para instalar un S² Engine, capaz de dar un Evangelion un suministro de energía ilimitado, en Evangelion Unit-04, uno de los dos nuevos Evangelions que han terminado recientemente la construcción en los Estados Unidos. En pánico tras el accidente de la Unidad 04, el gobierno de los Estados Unidos exige que la Unidad Evangelion-03, construida en NERV-01, la primera sucursal de NERV en Massachusetts, sea removida de su tierra tan pronto como sea posible. Como la Unidad-03 está a punto de llegar a Tokio-3, Toji Suzuhara se convierte en el nuevo piloto para ello.