Un nuevo y extremadamente extraño Ángel, Leliel, aparece en el cielo sobre Tokio-3, al parecer una esfera en blanco y negro. Los tres Evangelions se mueven para atacar, pero el ataque de Shinji es inútil, y él en la Unidad 01 se absorbe en una sombra creciente que ha engullido la ciudad. Ritsuko determina que Leliel existe en una dimensión superior de la existencia, que sólo puede ser explicada por conceptos matemáticos. La sombra en el suelo, descrita como de 600 metros de ancho pero sólo tres nanómetros de espesor, es el cuerpo real del Ángel, y la esfera en el cielo es su verdadera sombra. Temiendo que la Unidad 01 haya sido completamente perdida, NERV se prepara para lanzar todas sus bombas de N2 restantes en el Ángel, con la esperanza de que esto destruirá a Leliel aunque podría matar fácilmente a Shinji también. Mientras atrapado en Leliel, Shinji va en un viaje mental introspectivo. Cuando la batería se agota completamente y el soporte de vida se agota en la Unidad 01, Shinji cae inconsciente, y un par de brazos brillantes se extienden para abrazarlo. Fuera de Leliel, Misato y Ritsuko testifican que Unit-01 rompe violentamente su salida de la sombra de Leliel, matándola así.