Shinji comienza la escuela en Tokyo-3 y se reúne con sus compañeros Tōji Suzuhara, Kensuke Aida y Hikari Horaki. Toji está enojado con Shinji porque su hermana resultó gravemente herida en la primera pelea de Shinji contra el Ángel Sachiel. Otro Ángel, Shamshel, aparece, y Shinji debe derrotarlo. Shinji es empujado a su límite mental durante la batalla, se vuelve loco durante los últimos segundos, involucrando al Ángel en combate cuerpo a cuerpo y desactivándolo salvajemente. Después, está traumatizado por las emociones que experimentó durante la batalla.