La película comienza con una nueva piloto, Mari Illustrious Makinami, quien toma el control de la Unidad Provisional 05 y trata de detener al Tercer Ángel, que está escapando de la Base Betania de NERV, situada en el Ártico.
Después de haber sido encontrado en el permafrost, el ángel fue capturado y confinado en el sistema de contención de Cocito (uno de los más seguros del mundo), pero logró escapar. Moviéndose por los túneles, Mari pilota la unidad hasta contactar con el ángel, llevando la lucha hasta la azotea de la base, donde la Unidad-05 pierde dos de sus cuatro patas, al tiempo que tritura el núcleo del ángel con su pinza. El Evangelion es finalmente autodestruido, siendo expulsado el Entry Plug y destruida gran parte de la Base Betania.