Rescatado por Misato Katsuragi, Shinji llega a los cuarteles generales de NERV. Allí se encuentra con su padre Gendo, que es el Supremo Comandante de NERV. Gendo pide a Shinji que pilote el Evangelion Unidad 01 (EVA 初号機, EVA shogōki) y acabe con el Cuarto Ángel. Aunque al principio Shinji se niega a cooperar, acaba accediendo al ver el acto aparentemente cruel de su padre de obligar a la malherida Rei Ayanami a pilotar el EVA.