La historia comienza 14 años después del Tercer Impacto. La Unidad-02'β y la Unidad-08α, pilotadas por Asuka Langley Shikinami y Mari Illustrious Makinami respectivamente, despegan para realizar una misión de recuperación de un gigantesco contenedor cruciforme en órbita sobre la Tierra, en el que se encuentra el EVA-01, que fue sellado con Shinji Ikari en su interior desde el Casi-Tercer Impacto.