Evangelion Unit-00 finalmente se repara después de que se volvió loco durante el experimento que estaba antes de los acontecimientos del primer episodio. Shinji trata de conocer al piloto de la Unidad-00, Rei Ayanami, mejor pero encuentra que es increíblemente insular, no tiene amigos y todos los registros de su pasado han sido borrados. Un nuevo y poderoso Angel llega: Ramiel, un diamante de metal monolítico flotante con una poderosa explosión de haz de partículas que casi mata a Shinji en Unit-01.