Como la depresión de Asuka ha crecido hasta el punto de que se reduce a la catatonia, SEELE envía Kaworu Nagisa a NERV con el fin de ser el piloto de reemplazo para la Unidad-02. Al principio Shinji y Kaworu vínculo y rápidamente se convierten en amigos. Sin embargo, pronto se revela que Kaworu es de hecho el Ángel final y ha sido enviado para fusionarse con Adán en el Dogma Terminal en el nivel inferior de la sede de NERV. Kaworu comandante Unit-02, y Shinji se compromete con la unidad-01 en una lucha feroz en caída libre a medida que descienden a Terminal Dogma. Kaworu llega al Ángel en el Dogma Terminal cuando Shinji derrota a la Unidad-02, pero se da cuenta de que el Ángel no es Adam sino Lilith. Darse cuenta de que es la forma en que las cosas están destinadas a ser, luego implora a Shinji para matarlo para evitar que la humanidad de ser destruido. Shinji vacila, pero finalmente mata a Kaworu. Más tarde, traumatizada por los acontecimientos del día, Shinji trata de hablar con Misato, pero ella está demasiado distraída por sus propias luchas para ser de consuelo para él.