Tras el asalto del último Ángel en su mente, Asuka se hunde en la depresión clínica. El siguiente Ángel, Armisael ataca, e intenta unirse con la Unidad-00, haciéndolo entrar en contacto con la mente de Rei, como lo hicieron los antiguos Ángeles con Shinji y Asuka. Para salvar a Shinji, Rei se autodestruye Unit-00 para destruir Armisael. Rei se revela que se "recupera" después de una supuesta experiencia cercana a la muerte. Misato fuerza a Ritsuko a revelarle, así como Shinji, los oscuros secretos de NERV y la verdadera naturaleza de Rei.