El Dr. Ritsuko Akagi, científico jefe de NERV, explica a Shinji más de la naturaleza real clasificada de Segundo Impacto, los Ángeles, y la misión de los Evangelions para derrotarlos. Una organización rival de NERV construye un prototipo de robot gigante, Jet Alone, destinado como una alternativa a los Evangelions, que esta nueva línea de robots reemplazará. A diferencia de las unidades Evangelion, que dependen de la energía externa o limitada de la batería, Jet Alone tiene un reactor nuclear integrado y puede funcionar indefinidamente sin poder externo. Sin embargo, durante la primera prueba pública de Jet Alone, sale de control y comienza a marchar hacia una ciudad cercana con su edificio de reactor a una fusión. Shinji mantiene al robot a raya en su Evangelion mientras Misato entra y cierra el reactor.