Misato lleva a Shinji ya sus amigos Toji y Kensuke en un vuelo a un grupo de batalla de las Naciones Unidas que está transportando a Japón a la Evangelion Unit-02 y su ardiente piloto alemán Asuka Langley Soryu. Acompañar a Asuka a Japón es la vieja llama de Misato, Ryōji Kaji. En medio de unas incómodas presentaciones y reuniones, un enorme ángel acuático, Gaghiel, comienza a atacar a la flota, y Asuka determina que lo combatirá usando la Unidad-02, jugando "rayuela". Desafortunadamente para ambos debido a su reunión hostil, ella toma Shinji con ella. El Ángel arrastra la Unidad 02 bajo el agua, y Misato planea un plan para matarlo al alojar dos acorazados hundidos en su boca y luego dispararle todas las armas. El Ángel es asesinado, y se revela que tanto Shinji como Asuka rompieron sus registros de sincronización. Kaji es visto entregando a Adam a Gendo, y Asuka se transfiere a la clase de Shinji.